정부는 9월 29일 국무회의에서 소득세법·법인세법·종합부동산세법·상속세 및 증여세법 시행령 개정안을 의결했다. 2026년 세제개편안 후속 조치로 마련된 개정안은 10월 1일 공포·시행된다. 조정대상지역 매입임대 아파트의 다주택자 양도소득세 중과와 법인세 추가 과세를 배제하는 특례는 2027년 12월 31일 양도분까지 유지된다. 이후 양도분에는 해당 혜택이 적용되지 않는다.
다만 2027년 1월 1일 현재 의무 임대기간이 끝나지 않았다면 임대기간 종료일, 즉 등록말소일부터 1년이 되는 날까지 특례를 받을 수 있다. 중과 배제 기한이 끝나기 전에 재건축·재개발 절차가 진행된 주택은 이전고시일부터 1년까지 적용 대상이다. 조정대상지역 매입임대 아파트를 가진 임대사업자의 거주 주택에는 등록말소일부터 5년간 양도소득세 1세대 1주택 특례가 유지된다.
임대료 인상률을 5% 이내로 제한한 상생임대주택 특례는 2026년 12월 31일 종료된다. 이에 따라 2년 거주요건을 면제받아 양도소득세 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제 우대를 받는 제도도 끝난다. 다만 특례 종료 후 1년 안에 양도하는 주택은 거주요건 면제를 받을 수 있고, 적용 기한은 늦어도 2029년 12월 31일까지다. 2026년 12월 31일 전에 임대기간이 끝난 주택은 2027년 12월 31일까지 혜택이 인정된다.
조정대상지역 일시적 2주택자의 양도소득세·종합부동산세 특례기간은 3년에서 2년으로 줄어든다. 양도소득세는 2026년 8월 4일 이후 새 주택을 취득하고 10월 1일 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 적용된다. 종합부동산세는 2027년 6월 1일 과세 기준으로 특례기간이 2년이며, 2026년 8월 3일 전에 주택을 취득했거나 매매계약과 계약금 지급을 마친 경우에는 기존 3년 규정이 적용된다. 비수도권 준공 후 미분양주택의 종합부동산세·양도소득세 주택 수 제외 등 세제지원은 2027년 12월 31일까지 1년 연장된다. 한미전략투자기금은 증여세 비과세 단체에 추가돼 기금 출연액에 증여세를 부과하지 않는다.
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