10월 2일 형사소송법 개정 등으로 검찰청이 폐지되고 공소청이 출범한 뒤, 특검에 파견된 검사의 공판 참여를 둘러싼 법원 판단이 엇갈리고 있다. 10월 6일 윤석열 전 대통령의 내란 우두머리 혐의 항소심에서는 파견검사 참여에 문제가 없다는 판단이 나왔지만, 쿠팡 수사외압 의혹 사건 재판부는 파견검사를 제외하고 심리를 진행했다.
서울고법 형사12-1부는 속행 공판에서 공소청법 부칙에 따라 기존 검찰청 검사 지위가 공소청 검사로 이어진다고 해석했다. 재판부는 “현재로서는 특별한 문제가 없다고 본다”며 예정된 절차를 진행하겠다고 밝혔다. 윤 전 대통령 측은 파견의 법적 근거와 별도 파견 명령이 있다면 그 근거를 제출해 달라고 요청했고, 내란 특별검사팀은 기존 파견 명령이 유효하다는 내용의 법무부 공문을 내겠다고 했다.
서울중앙지법 형사합의28부는 엄희준·김동희 검사 사건에서 논란을 피하기 위해 파견검사를 배제했다. 재판부는 파견이 위법하다고 결론 내린 것은 아니며 처리 방안을 검토 중이라고 설명했다. 이에 따라 예정된 증인신문은 특별검사보가 맡았다. 상설특검팀은 법무부가 파견검사의 공판 참여에 의문을 제기한 재판부에 공문을 보낼 예정이라고 전했다.
법무부는 10월 6일 내란·김건희·순직해병 특검과 쿠팡·관봉권 상설특검, 2차 종합특검 및 관련 재판부 등에 공문을 발송했다. 별도 인사 발령 없이 파견 업무를 계속할 수 있다는 취지로, 공소청법 부칙 제7조 제1항과 검사정원법 시행령 부칙 제2조를 근거로 들었다. 앞서 10월 2일에는 관저 이전 예산 불법 전용 의혹 재판부가 파견 효력에 의문을 제기해 심리를 중단한 반면, 오세훈 서울시장의 여론조사비 대납 의혹 항소심 재판부는 공판을 예정대로 진행했다.
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